ซากสิ่งมีชีวิตมีโอกาสกลายเป็นซากดึกดำบรรพ์ได้น้อยมาก การที่สิ่งมีชีวิตที่ตายไปแล้วยังคงหลงเหลือซากหรือร่องรอยที่แปรสภาพเป็นซากดึกดำบรรพ์ได้ต้องมีกระบวนการที่สำคัญ ๒ ประการ คือ ประการแรกซากสิ่งมีชีวิตจะต้องถูกตะกอนปิดทับกลบฝังอย่างรวดเร็วหลังจากล้มตายลงจนทำให้ซากไม่ถูกทำลายสูญหายไปและประการที่ ๒ จะต้องมีการเปลี่ยนแปลงทางเคมีทำให้ซากดึกดำบรรพ์คงรูปอยู่ได้ก่อนที่ซากดังกล่าวจะปรากฏขึ้นบนพื้นดินอีกครั้งจากการกัดเซาะหรือการยกตัวของเปลือกโลก
เมื่อสิ่งมีชีวิตล้มตายลงส่วนที่เป็นเนื้อเยื่อจะผุพังย่อยสลายหายไปคงเหลือแต่ส่วนที่เป็นโครงสร้างแข็ง เช่น เปลือกหอย กระดูก ที่ถูกทับถมอยู่ในชั้นตะกอนสารละลายแร่จากน้ำใต้ดินจะแทรกซึมเข้าไปอยู่ในโพรงเปลือกหอยหรือโพรงกระดูก ทำให้ชิ้นส่วนเหล่านี้มีการเปลี่ยนแปลงสีไปจากธรรมชาติดั้งเดิมและเสริมสร้างความแข็งแกร่งมากยิ่งขึ้นหากน้ำใต้ดินมีแร่ซิลิกาสูงแทรกซึมเข้าไปแทนที่ในเนื้อไม้จะทำให้ได้ไม้ที่กลายเป็นหิน บางครั้งอาจมีแร่ชนิดอื่นเข้าไปแทนที่แร่เดิมโดยที่โครงสร้างเดิมยังไม่เปลี่ยน เช่น แร่แมกนีเซียมหรือแร่เหล็กเข้าไปแทนที่แร่แคลเซียมหรือมีการจัดรูปผลึกใหม่ให้คงที่ เช่น เปลือกหอย โดยทั่วไปเป็นแร่อะราโกไนต์ซึ่งเป็นสารแคลเซียมคาร์บอเนตที่มีรูปผลึกไม่คงตัว เปลี่ยนไปเป็นแร่แคลไซต์ซึ่งเป็นสารแคลเซียมคาร์บอเนตที่มีรูปผลึกคงตัว นอกจากนี้ยังมีกระบวนการคาร์บอนไนเซชัน (carbonization) ซึ่งเป็นกระบวนการแปรเปลี่ยนซากสิ่งมีชีวิตบางชนิดเป็นคราบคาร์บอนสีดำมันแสดงรอยพิมพ์สิ่งมีชีวิตดังกล่าว เช่น รอยพิมพ์ใบไม้หรือแมลงในชั้นหินดินดานหรือหินทราย ซากดึกดำบรรพ์นอกจากเป็นโครงสร้างแข็งของสิ่งมีชีวิตที่หลงเหลืออยู่แล้ว บางครั้งก็พบซากดึกดำบรรพ์ของสิ่งมีชีวิตที่ไม่มีเปลือกแข็งหุ้มได้เช่นกัน เช่น รอยพิมพ์ของแมลงในชั้นหินหรือในบางสภาวะแวดล้อมพบส่วนที่เป็นเนื้อเยื่อ เช่น ซากช้างแมมมอทที่ถูกฝังอยู่ในชั้นน้ำแข็งบริเวณขั้วโลก ซากไดโนเสาร์ที่กลายเป็นมัมมี่ในทะเลทรายเนื่องจากอากาศแห้งทำให้ซากไม่เน่าเปื่อย หรือซากแมลงที่พบอยู่ในอำพัน นอกจากนี้ยังพบร่องรอยการดำรงชีวิตของสัตว์ เช่น รอยเท้าสัตว์ รอยกัดแทะ มูลสัตว์ รูหรือรอยชอนไช แนวทางเดินของสัตว์ ซึ่งจัดเป็นซากดึกดำบรรพ์เช่นกัน
ซากดึกดำบรรพ์สามารถพบได้ในหินตะกอน เช่น หินดินดาน หินทราย หรือหินปูน ทั้งที่พบโดยธรรมชาติจากการกัดเซาะของน้ำ ลม หรือบริเวณที่มีทางน้ำไหลผ่าน หรือริมชายฝั่งทะเลและในบริเวณที่มีการกระทำของมนุษย์ เช่น การตัดถนน การขุดเหมืองถ่านหิน หรือการระเบิดภูเขาทำเหมืองหิน ในการสำรวจหาซากดึกดำบรรพ์หากรู้อายุหินในบริเวณนั้นโดยคร่าว ๆ จากแผนที่ธรณีวิทยาจะทำให้คาดคะเนได้ว่า ควรจะพบซากดึกดำบรรพ์อะไรได้บ้าง เช่น ไดโนเสาร์ในประเทศไทยส่วนใหญ่พบในบริเวณภาคตะวันออกเฉียงเหนือเนื่องจากบริเวณดังกล่าวมีหินทรายและหินดินดานซึ่งเกิดจากการตกทับถมตามหนองบึงหรือทางน้ำโบราณ มีอายุอยู่ในช่วงมหายุคมีโซโซอิกซึ่งเป็นช่วงเวลาที่ไดโนเสาร์ครองโลกหรือถ้าต้องการค้นหาซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์ทะเลควรหาบริเวณที่มีภูเขาหินปูน เนื่องจากหินปูนเป็นแหล่งสะสมของตะกอนทางเคมีของสารคาร์บอเนตที่เกิดจากโครงสร้างของเปลือกหอย ปะการัง และสัตว์ทะเลหลายชนิด